Lors de la guerre de Troie, il prend parti pour les Achéens mais ne participe guère à la bataille. Cependant il se retrouve face à Léto mère d'Apollon et d'Artémis mais refuse de la combattre. Il se contente d'être le messager et l'interprète (on rapproche son nom du mot ἑρμηνεύς / hermêneús, « interprète ») de Zeus. Ainsi, il guide au mont Ida Aphrodite, Athéna et Héra qui concourent pour la pomme d'or, afin de les soumettre au jugement de Pâris. Il escorte Priam, venu chercher le corps d'Hector, dans le camp grec ; il avertit (sans succès) Égisthe de ne pas tuer Agamemnon ; il transmet à Calypso l'ordre de libérer Ulysse. Après la guerre, c'est lui qui amène Hélène en Égypte.

De même, c'est lui qui, d'après le pseudo-Apollodore, devant enlever Io sur demande de Zeus, tue Argos aux cent yeux, placé en surveillance par Héra, d'où son épiclèse d'« Argiphonte » (Ἀργειφόντης / Argeiphóntês, « tueur d'Argos ») — l'interprétation de cette épithète est pourtant sujette à caution : la légende d'Argos est probablement postérieure à Homère, qui emploie déjà cette épiclèse ; une autre interprétation traduit par « à la lumière blanche, éblouissant ». Guide des héros tout comme Athéna, il conduit Persée dans sa quête de Méduse et guide Héraclès dans les Enfers.

C'est le conducteur des âmes vers Hadès, d'où son épithète de Πομπαῖος / Pompaĩos, puis plus tard « Psychopompe » (en grec Ψυχοπομπός / Psukhopompós). À la fin de l'Odyssée, on le voit ainsi conduisant les âmes des prétendants dans le pré de l'Asphodèle. L'hymne orphique consacré à l'Hermès souterrain, chthonien ou infernal, le dit fils de Dionysos et d'Aphrodite (Hymnes orphiques, 57).